时至六月，朝鲜各道因破坏过度而民不聊生，大小战斗频繁发生，瘟疫流行，因此日军军师黑田官兵卫奉丰臣秀吉之命再往朝鲜，而且此次还有日本东国名将伊达政宗也率所部三千，随同黑田官兵卫赴朝支援。
宇喜多秀家及石田三成听闻黑田官兵卫再度入朝，加上伊达政宗也赶来支援，也算是略感心安。于是宇喜多秀家、石田三成、增田长盛三人便先去官兵卫逗留的东莱城拜访，准备商讨今后对策。
这一日，黑田官兵卫正与浅野长政下棋闲聊，听到下人禀告说征朝总大将宇喜多秀家等人前来拜访，便请三人先在别室等待，自己随后便到。
浅野长政问道：“既是奉行众前来，为何不立刻相见？”
官兵卫回答说不愿，浅野追问之下，官兵卫才不得不坦言道：“石田三成处事不公，睚眦必报，贬低诸将、歪曲战况、诋毁大名、夸大亲近之人战功，又对天下大名摊派高昂军费，增田长盛则只会趋炎附势，宇喜多秀家又平庸无能，我见之何用？不如再被参奏，让我早早回去，醉卧田间。”
浅野长政叹了口气，但还是力劝道：“太阁殿下再令你来，是为克服困境，怎好负气一走了之？”
官兵卫动作懒散，长叹一声答道：“不是说正在议和么，在此期间驻守防备即可。之前各将之间多有不和，大谷吉继也出面协调，议定诸将立誓，同心协力，大小事务共同决定，应当会对缓和矛盾起到作用，届时再向西集中一半以上兵力，攻克晋州。这也是太阁殿下所愿。”
浅野长政对攻取晋州需调动一半兵力颇为不解，便问道：“区区一座晋州城，至于如此兴师动众吗？”
官兵卫稍稍正色，答道：“晋州事关战局又有前次战败之耻，我军现在兵力充足，强攻即可，此举不仅为速克晋州，更是为了方便立刻占领全罗道而考虑。
目前大军所面对的不过朝鲜的些许抵抗，明军则应该不会轻举妄动，此时出兵必能获胜。而且独眼龙政宗也来到朝鲜，这个从小就被称为焚天丸的家伙初到朝鲜，肯定会全力以赴，有政宗助阵，攻占全罗更是轻而易举。
至于平息民愤，救治瘟疫，这些寻常事务难道也需要我一一教导不成？有你们在便已足够，石田三成也会为此事亲历亲为。所以我此刻只想回去，静待诸位凯旋。”
浅野长政担忧黑田官兵卫如此回去定会被丰臣秀吉问罪，官兵卫笑道：“太阁殿下与我相知已久，我回去后会剃发出家，乞求宽恕，保住家门传承，这些事情你不必为我担忧。”
他既然如此说了，浅野长政也不好再多言，便与官兵卫继续下棋。而石田三成等人已在别室等待许久，却迟迟不见黑田官兵卫出来相见，只听围棋落子之声。三人一怒之下离开东莱，并也因此与官兵卫结怨。石田三成随即便向丰臣秀吉参奏官兵卫。
再说日军大本营这边，以加藤清正、福岛正则为首的武士派都要求开战，宇喜多秀家示意肃静，然后道：“再次攻打晋州是一开始就定好的军略，诸君稍安勿躁，我们眼下只需要确定一件事，那就是在占领全罗道的过程中明军是否会协助朝鲜？”
小西行长答道：“现在我方正在派遣使者，我认为现在我们无论在全罗道有任何动作，明军都不会作出反应，即便为防万一，他们也应该只会稍作防备，因此我们所面对的只不过是朝鲜军而已。”
加藤清正笑道：“小西，我看你就不要再参加攻城战了，上次攻打幸州你也是苦战不胜，连朝鲜军也赢不了，就不要在此丢人现眼了。”
宇喜多秀家听后极为不悦，沉下脸来道：“加藤，你最好不要再多嘴，幸州一战可不仅小西参与，你若不想被在座诸君就地斩杀，就老老实实闭口不言。”
加藤清正一想，当日的确不止是小西行长吃瘪，连宇喜多秀家这个总大将也没捞到便宜，只得先行闭口，而小早川隆景当即打了个圆场转移话题，提议道：“为了能确保拿下全罗道，我建议出阵十万，如此便足以应对一切战况。”
黑田长政惊异不已，愕然道：“只为攻克晋州，夺占一道，且对方只有朝鲜军，这动员十万是否有些小题大做了？”
其实不仅是他，在座诸将皆有此疑问，小早川隆景见此便耐心解释道：“自上次晋州、幸州战后，可见朝鲜军民战意高涨，颇不畏死，相较半年前已经不可同日而语。
而且，全罗道内多有险峻，朝鲜官军以及义军多半集于此地，明军方面虽然不太可能出动，但我们也需时刻防备，不可掉以轻心。
诸君切记，现在已经不是我们刚刚登陆朝鲜时的情况了，不可再过分轻视朝鲜战力，需集中大军一举歼灭！”
黑田长政听后即表赞成，点头道：“如此说来，小早川殿下所言极是，家父也有如此提过。另外，我听闻加藤军中正在研制破城军械龟甲战车，不知是否能赶上此战？”
加藤清正称是，只不过龟甲车要参加战斗则尚需时日。
岛津义弘这次很少见的主动请战要求出阵，加藤清正、福岛正则两个主战派自然也立刻同请，而伊达政宗也不甘落后，随即请战道：“我初到朝鲜便能赶上此战，也是荣幸和机会，太阁殿下之前也多次叮嘱，要我多作表率，因此此战我愿为先锋，请总大将优先考虑。”
宇喜多秀家很是满意这种气氛，但口中却道：“此战人人都是先锋，从第一番队至第九番队各自抽调整编，诸位先各自准备，等待军令。”
另一边，朝鲜方面自传报日军有进攻晋州的打算后，各地军民开始陆续向晋州驰援，除晋州府使徐元礼外，又有倡义使金千隘率义军三百、庆尚道右兵使崔庆会率兵五百、忠清道兵使黄进率兵七百、副使张润率兵三百、义军高敬命之子高从厚率兵四百，再加上权栗、李薲、金海府使李宗仁等援兵，总兵力已达八千以上。
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六月十五，日军从釜山出阵，九万三千大军向晋州进发。日军此路兵锋极盛，十六日攻破咸安，十八日攻破宜宁。朝鲜新任都元帅权栗及李薲完全不能力敌，各领所部弃城退至南原一带。沿途百姓也一路西逃，纷纷退入晋州避难。到了六月二十一，日军便开始包围晋州。
与此同时，柳成龙获知消息后再次恳求明朝经略宋应昌发兵救援，但宋应昌则婉拒道：“本部堂已接到皇上旨意，在朝廷关于处置倭寇请降的旨意出来之前，我援朝大军当就地驻守，不得擅自调动。身为臣子，本部堂不能抗旨，故援助晋州之事恕本部堂有心无力。”
柳成龙十分疑惑，问道：“这倭寇请降一事从何而来？我们为何不知？”
宋应昌见朝鲜居然不知此事，不禁愣了一愣，才知道沈惟敬并未与朝鲜通气。他心有疑虑，但又不便对此细究，便答道：“朝鲜竟然不知此事？此事在收复汉阳之前，自收到倭寇请降信后便立刻上报朝廷裁决，现在已收到旨意，暂行驻守不得发起战事。”
柳成龙气上心头，语气中明显开始带有情绪：“那就是说，明军早知此事却完全不与朝鲜商量，而收复汉阳则只是一场与倭寇的交易，并且因此阻止了朝鲜的追击，到了现在又对朝鲜战事不管不顾！
经台，我想问问，你看现在的倭寇哪里有请降的样子！对于此事，请你务必给我一个解释！不然朝鲜绝不会善罢甘休！”
无论事情的因果关系如何，宋应昌听了这话都立刻沉下脸来，正色道：“柳成龙，注意你的言辞。倭寇退出汉阳乃是因为我军连战连捷，倭寇难以支撑，才在撤出汉阳之前传递请降之愿。此等大事自需上报朝廷，而不许追击是因追之无益，与所谓交易毫无关联。”
柳成龙正锋相对道：“我不是向经台建议过，说追击之后朝鲜各道官义之兵必能被朝廷统一调度，配合明军围歼敌寇，可获全胜么！”
宋应昌漠然道：“恕本部堂直言，本部堂对朝鲜军的战力毫无信心，也不想看到朝鲜军再度被倭军重创，因此这才不许追击。
至于有关倭寇请降一事，本部堂也心存疑虑，因此自是主战的，也曾上疏进言。但无论如何，如今已有旨意传下，令我入朝全军暂时只作驻守，本部堂岂能抗旨？
本部堂现在能告诉你的是，如倭军北进，我军必迎头痛击。另外，听闻此次倭寇出兵近十万之众，兵力悬殊，即便没有旨意，本部堂也不愿打这一仗，自损元气又对战局于事无补。最后，也奉劝你们放弃晋州退守新的防线，晋州失陷已是必然。”
可是柳成龙不肯放弃，态度软化下来，再劝宋应昌发兵，哪怕发一支疑兵也好。在柳成龙苦求之下，宋应昌答应布置疑兵迷惑日军。
而在朝鲜将领中，同样对晋州深感担忧的还有如郭再佑、金命元等许多人，他们也都是如此设想，即不能力拼，应放弃晋州，重新布置新的防线，毕竟朝鲜朝廷一时间也难以调动大军援救。
日军总大将宇喜多秀家召集诸将布阵，最后的安排是：宇喜多秀家亲领伊达政宗、石田三成、大谷吉继等人率兵一万八千八百布置于城东；
加藤清正领黑田长政、岛津义弘、锅岛直茂率兵两万五千六百布置于城北；
小西行长领细川忠兴、宗义智率兵两万六千一百布置于城西；
小早川隆景及立花宗茂等率兵八千七百于西北紧盯南原及忠州动向；
毛利秀元率兵一万三千六百人于东北防备尚州及善山等地的明军来援；
最后是吉川广家领一队布在江南作为策应。
日将细川忠兴因曾亲身参与第一次晋州围攻战，记忆犹新，不免有所忧虑，道：“前次晋州之战时，朝鲜百姓也都全部助阵，以致攻城十分艰难，听说最近一路陆续涌入晋州的百姓已至六万之多，若他们也都协助守城，那我们真不知要攻到何日了。”
加藤清正不满细川忠兴怯战懦弱，当即责备道：“上次晋州未能攻下，其原因不在有多少人守城，而在你们攻城无能。晋州百姓再多，但兵器终归有限，其凭借城墙倒还能有所作为，城破之后只有被屠杀的命。
我看啊，上次晋州之战就是因为你们太优柔寡断了，所以才会最终败阵，真是替你们感到丢脸。”
伊达政宗自然不想自己初至朝鲜便收获一场败仗，便凭借尊贵名位向诸将训导道：“伊达家来此一为以身作则，二为受太阁殿下之命来此督战。晋州军民相加已接近我军兵力，鉴于前次经验，此次围城必然会颇费时日，我军众多却无法完全展开，故此前几日自然是批次攻城，同样也是消耗朝鲜力量。
不过，还请各位铭记，此次出阵只为攻下晋州。若各位不尽全力，战后请剖腹谢罪即可。太阁殿下也不想再见怯懦畏战之人。身为武士，只有战胜封赏和战死沙场两种结果，除非事先谋划，否则绝不可再出现败逃之事。”
其实从职务而言他说这话有些僭越，但宇喜多秀家似乎并无这等绝无，亦或者说慑于伊达政宗在日本国内的地位而不方便发作，反正是对此表示赞同了。于是宇喜多秀家下令今日先围城布阵，次日再开始攻城。
由此，日军布阵于晋州城外，四面八方的日军如同汪洋大海席卷而来，声势极其逼人。
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