日军自六月起由釜山出动，逐步向梁山及熊川方向逼近，由于朝鲜水军几乎全军覆没，海疆陷入无防之境，日军可选择进攻之地极多。
于是日军分左右两路，从庆尚道向全罗道进攻。右路军由毛利秀元、加藤清正、黑田长政等领兵五万向黄石山城出阵；左路军由宇喜多秀家领小西行长及岛津义弘等领兵五万六千八百人出阵。八月,左路军攻占泗川、南海、光州向南原进军。
在原历史上，驻守南原的除了朝鲜军之外，还有明将杨元、李新芳、毛承先所领的三千辽兵，由此爆发了激烈的南原之战。
这场仗双方兵力悬殊之极，明、朝联军总计只有不超过五千，而日军高达五万六千之多，足有联军的十一倍。与此同时,明军本为骑兵，被迫守城无法发挥优势,也是导致最终失败的一大原因。
不过原历史上的南原之战所以战败，其原因众说纷纭，明廷、朝鲜方面各自的官方与民间说法俱非一致，实在很难分说。好在此时情况大不相同，倒也就不必详述了。
此时的南原既然并无明军驻守，其驻军自然都是朝鲜军。朝鲜全罗道兵使李福南、南原府使任铉、驻防将金敬老、光阳县监李春元、接伴使郑期远等各领本部及新征入伍共三千朝鲜军驻守此处。
全罗道兵使李福南召集议事，南原府使任铉说道：“应兵使之令，这两月来南原城强已加固一丈，护城河也崛至两丈深，所能用于驻防设障的材料已被尽数征用，只是城内粮草不足，只够五天所用，眼下已请调粮，但一时间还未能送至。”
驻防将金敬老报称：“南原城中有三门明军留下的胜字号火炮,我已将其调来部署在城楼。只是胜字号火炮较为老旧,城中又再无其他火器，只能期望其能对抵御敌寇有所效用。”
光阳县监李春元也道：“南原城外各乡百姓已全部迁入南原避祸，但已风传倭寇将至的消息，百姓们当中每日总有想逃难之人，而且不在少数，极难安抚。”
接伴使郑期远想了想，建议道：“南原军粮不足，人心动荡，地处开阔平原，四面一马平川，虽位居要地但兵力相差悬殊，不如放弃南原，移至十里外的蛟龙山城驻防。蛟龙山城地势险峻，易守难攻，有利于与敌寇周旋……李兵使以为如何？”
李福南表示不可，道：“南原城为全罗道外藩，一旦失守，危及全罗全道。我们驻守在此便是为防守南原，岂能弃城？我军将士守土有责，此番也不是壬辰年那般遭受偷袭，定能以一当十，将倭寇阻拦在南原城下。
与此同时，还需立刻向全州求援，全州与南原相互呼应，若全州来援，则南原可保。至于蛟龙山城，反倒必须立刻焚毁！”
金敬老惊问为何焚毁蛟龙山城，李福南道：“南原与蛟龙山相比，蛟龙山城更具防守优势，因此其存在必将引起军心不稳。只要南原城稍有不利，必会争相撤往蛟龙山城，慌乱撤离，蛟龙山又怎能防住？
所谓置之死地而后生，焚毁蛟龙山城才能全力坚守南原。若还有谁有疑虑，就在我李福南战死之后自行逃离，但在本兵使战死沙场之前，若有谁敢擅自逃亡，必先死于我刀下！还请诸位各自鼓舞本部士气，我军必誓死坚守南原！”众将领命。
八月十二，日军抵达南原城外，总大将宇喜多秀家召集麾下将领，部署攻占南原的军议。宇喜多秀家下达军令：“藤堂高虎、太田一吉各番队本队随我攻南门；小西行长、宗义智、胁坂安治、竹中重利各领本队攻西门；加藤嘉明、岛津义弘各领本队攻北门；蜂须贺家政、毛利吉成、生驹一正各领本队攻东门。诸位可还有什么意见？”
小西行长道：“据报，南原城外所有民居及庙宇全被焚毁，我们在南原城外毫无掩护，且南原城墙及护城河皆有被加固开掘的痕迹，如此看来，南原早已在做布防，且此地早前曾有明军坐镇，说不定也会如往常一样留下部分火器给朝鲜人用，故此战还需谨慎。
我看重点在于歼灭李福南所部，此为南原唯一有些战力之兵，只要他们一垮，朝鲜其余守兵则不足为虑。”
由于对面没有明军，岛津义弘就活跃起来了，他提议道：“朝鲜在南原不过三四千兵力，如今被我团团围困，南原虽地势开阔，但朝鲜军不是明军，必然不敢出城野战，这样一来南原只能孤军笼城。
我最担心的是有援军来救，所以从一开始我军就必须竭尽全力，争取以最快的速度尽早攻克南原，绝不能让周边临近之朝鲜军前来捣乱。”
宇喜多秀家颇为赞成，随即道：“岛津殿下所言极是，所谓狮子搏兔亦用全力，我们虽然占据军力优势，却也不能只顾死战登城，还是需注重谋略，减少伤亡。
诸君切记，我们的目标是整个朝鲜，而不是只在南原。胁板和加藤常在水军，今日能共同出阵南原，可务必要再现贱岳七本枪之武勇。”
加藤嘉明立誓道：“总大将请放心，此次出阵南原，我一定会率先攻入。”胁坂安治也不甘示弱：“我们早就盼望能回陆地战斗了，但第一个攻入南原的绝不会是加藤殿下，而是我胁坂安治！”宇喜多秀家大笑，随即下令全军进攻南原。
日军进逼南原城下，漫山遍野的大军将南原合围。李福南守东门，任铉守南门，金敬老守西门，李春元守北门。李福南令吹锣放炮，传令城中严禁妄费军器。
午时有五名日兵奉命于南原东门之外的石桥处劝降，李福南见状于外城令朝鲜军射杀，日军随即转入全面进攻，自漆场禅院高喊前进，于城外百步之外举火绳枪连射。
朝鲜所获明军胜字号火炮射程有限，威力弱小，日军几无损伤，朝鲜军除弓箭连射之外，也多射发明军留下的震天雷还击。双方激射一日，日军退回。
李福南猜测道：“倭寇来势汹汹，不计代价，夜必偷袭。任铉、金敬老，你二人选派得力干将分在四门外立刻布置菱铁于濠外，作钉板暗埋于桥头。各将在城门附近待机，一旦敌寇轻进中计，立刻出击剿灭！”二人领命。
李春元问道：“兵使为何如此断定敌寇必会夜袭？倭寇兵力大我十倍，白昼强攻即可，何必多此一举？”
李福南答道：“敌寇志不在南原而在汉阳王京，所以绝不会在南原空耗时日，必会竭尽所能，昼夜相攻，以求早日攻下南原，而我们也只能日夜坚守待援，全力阻拦倭寇于南原城下。”
于是朝鲜军于战壕外遍植菱铁，在各桥头暗伏钉板，令各将入夜后率兵于城门待命。至二更时，日军先头分队潜向各门，遭钉板菱铁伏击，各路朝鲜军见状立刻出击掩杀。
李福南下令撤四门之桥，呐喊放炮，彻夜不绝。日军四散纵火，数里之内烟雾熏天，日军于烟雾之后连发火绳枪还击，半夜而还。
宇喜多秀家得知消息大怒：“时不我待，必须立刻拿下南原！督促各队连夜多造云梯，要五百架！明日填濠平路，出动箭楼各列铁炮队，务必将城门守兵全部射杀，一举攻入南原城内！”
小西行长劝道：“总大将不必如此愤怒，南原绝不会重演幸州之败，毕竟南原不过孤军顽抗，外无强援，一两日之内必将为我所有。”
岛津义弘献策道：“敌军主力仍在，南原仍非轻易可破。我闻朝鲜各军对壬辰之败颇为不服，认为我军是占了他们毫无防备的便宜，因此如今他们被迫困于城内，心中难免不甘。
由此我认为，可引诱敌军出城，当我们数次攻城之后，可故作疲惫不堪之状，尽显混乱而退，以使敌军认为有机可乘。同时，则派遣五千足轻，身覆黄土伏埋于地，若李福南麾下的朝鲜骑兵果然出动，则立刻围歼，如此敌军精锐尽失，南原唾手可得。”
宇喜多秀家诧异道：“这不是忍者之法么？岛津殿下，你怎么会想到用这种邪术来充当战法？身为武士，此举可不恰当。”
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岛津义弘道：“忍者之法当年多次令各路大名伤亡惨重，可见极为实用，只要能迅速歼灭敌军主力，我们便能高枕无忧，所用何法又有什么关系？只是我未得忍法玄妙，应该做不到像忍者一样出神入化，但对付朝鲜军应该还是绰绰有余。”宇喜多秀家应允。
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八月十三清晨，日军再围南原，多造飞云梯预备登城，在火绳枪掩护下填濠作路，出动箭楼俯瞰南原，以使火绳枪队可以居高临下。如此，南原外城守兵一时死尽，日军趁机蜂拥登城，但数次被朝鲜军击退，尽显疲惫，阵型散乱不堪，午时再退本营。
李福南欣喜不已，道：“倭寇连日激战，我军一直被敌压制，倭寇必认定南原迟早陷落，以至于不顾一切强攻。我方才见倭寇败退时皆十分疲惫，阵型大乱，应是筋疲力尽急需休整，如此正是奇袭之时。”
任铉认为此举过于冒险，并非万全之计，不如还是坚守以待救。
李福南不听，摇头道：“坚守南原已有两日，全州至今未援，可见是畏敌如虎、按兵不动了，不能指望！等我们全阵亡在南原，全州也不会发兵救援的。现在不能再坐等外援，只能靠我们见机行事，不必多言，执行军令！”
李福南遂领全部北境骑兵出城出击，他这支骑兵是朝鲜昔日王牌军北境骑兵所剩不多的一支。既然原先就是精锐，现在北境骑兵所剩无几，那就更成了朝鲜军中的宝贝疙瘩，装备粮饷都被力保，因此战斗力还是不差的。
日军见状，很快佯装败退，北境骑兵追过石桥，谁知日军竟身覆黄土伏于地面，突而奋起，不计其数，几乎将李福南包围。
日将岛津义弘亲临战阵，手持野太刀领兵杀出，李福南大惊之下急令回撤，北境骑兵死伤三四百之多，仓皇退回南原。不过他退得还是够快，以至于岛津义弘未能全歼这支北境骑兵，骂骂咧咧愤恨而归。
岛津义弘回营后依然大骂不止，小西行长劝道：“岛津殿下所设计谋堪称凶险，只是的确没有忍者运用纯熟，再加上北境骑兵到底也是颇有战力的朝鲜精兵，能歼敌数百已经是很好的结果了。总大将，我看不如招降朝鲜军，就让我来对其将领劝降，让其献出南原吧。”
宇喜多秀家立刻斥责道：“小西！太阁殿下已有严令，不准再对朝鲜及明军有任何协商，你该知道这道命令实际上就是在警告你，你还敢违抗太阁殿下的命令么！”
小西行长辩解道：“并非协商议和，南原是我们志在必得的，只是若能使其出城献降，我们也可减少伤亡。正如总大将此前所言，我们的目标是整个朝鲜，不必在此过多浪费时间，我也不会给他们时间考虑，会限他们立刻答复，若敌军仍顽抗到底，再一举将其歼灭也就是了。”
宇喜多秀家不欲争辩，便叮嘱道：“小西，我可以允许你这一次，但你绝不可心存侥幸或另有企图，我会令军中即刻准备焙烙玉，一旦敌军不降，我便炸开南原的四门，不再纠缠也不再怜悯，我会将南原屠戮殆尽。”小西行长领命。
八月十四，小西行长命人请朝鲜军派人至访岩峰和议，李福南令通译随日军前去，金敬老劝道：“兵使不可，领相严令不可与敌和议，如此必犯重罪！我等誓与敌寇战至最后一兵一卒，死守南原，请兵使切勿因小失大！”
李福南摇头道：“你这是何话？我怎会与敌寇和议？只是将士们如今疲惫不堪，城中凌乱也急需休整，借此可令全军趁机整顿兵备物资，以备大战而已。在我们整备完毕之后，我将立刻严词回绝。切记，我们只有半日的时间可掩敌耳目。”金敬老领命。
朝鲜军通译抵达访岩峰，小西行长笑道：“朝鲜此番坚守南原，实在是辛苦，我素知北境骑兵善战，也曾亲自领教。我非常渴望能亲率大军再与北境骑兵一决死战，但并不是在这南原，而是要在汉阳王京。
这南原不过偏僻小城，你们又兵寡力弱，我军强攻之下南原再难撑过一日，不如献城而降或弃城而走，至少也能留性命，去包围汉阳王京，你们以为如何？”
朝鲜军通译答道：“此事我不能做主，我只是奉兵使之命前来听你如何说辞，据实汇报，如何决断自有兵使答复，在兵使答复之前，请停战静候。”
小西行长立即起身，下达最后通牒：“你们朝鲜人怎么都是这种回答？我没有那个耐心静候你们答复。哼，我本没有必要多此一举，给予生路就该感激涕零。
你回去需将我方才所言一字不落告诉李福南，日落之前我将遣使入南原索要答复，若拦于城外，我们同样将立刻攻城！
对了，如今城中应该很是缺粮吧？为表诚意，这里有军粮二十担，你们若再战，这二十担军粮也帮不了你们，只是给李福南一个信号，让他最好听命，否则城中必将生灵涂炭。”
于是小西行长馈响送还，至黄昏时分日军使者再来，被通译引入南门，于龙门馆与李福南共议。日使转述小西行长之话：“小西大将敬告朝鲜全罗道兵使李福南，如今军势悬殊，南原一日可破，届时必是人畜无存，吾受你忠勇之感，愿放出生路，望于来日与贵军一较高下。奉劝贵军立刻献降或弃城而走，若再无答复，悔之晚矣。”
李福南果然严词回绝，厉声道：“为将者当以马革裹尸为荣，我也请你转告倭寇，本将也可给他们一次机会，趁早退去还可免遭我长刀屠戮。”
日使冷笑一声，退出城外回报，而后日军大举攻城。在大部掩护之下，宇喜多秀家令敢死队分为四路奔向各门，堆砌焙烙玉以炸开城门。在朝鲜军阻击之下，敢死队进展稍显缓慢，但东门及南门仍被炸开，日军加紧进攻，各门守军战死者逐渐递增，渐渐孤危。
加藤嘉明及胁坂安治各领本队身先士卒，数次攻入城内，城中百姓奔走哭泣，彼此哀嚎。到了入夜之后，突然下了大雨，但日军不管不顾，乘暗再度冒雨攻城，激战至子时方退。
八月十五，南原守兵已不足一千，弹尽粮绝，日军攻入南原。李福南见状，拉着南原府使任铉道：“南原已破，当务之急你我应尽快领本部撤往全州与那里的我军会合，汉阳、星州、忠州也会发兵援助我们……事不宜迟，再晚必丧于倭寇之手，如今你我已为南原拼尽全力，唯有留得性命再向倭寇复仇。”
任铉惊异万分：“兵使为何前后判若两人？为坚守南原，兵使已将蛟龙山城全部焚毁，为何如今又要撤往全州？事已至此，我身为南原府使，当与南原同生共死，全军将士都已立下誓言，请兵使也务必与敌血战到底！”
李福南苦劝道：“南原已破，再难坚守，我们已坚持到了最后一刻，何必让将士们白白送死？此时撤退并非临阵脱逃，而是为来日能重整旗鼓！你身为府使更是肩负重任，更应顾全大局！”
任铉坚辞不去，摇头道：“还并未坚持到最后一刻！现在撤兵只会军心大乱，而且撤往全州也停不下来。您此时撤走朝廷有无惩戒我不知道，但我身为府使，此时撤走必然难逃一死，我任铉必与南原共存亡！”
李福南听后只好不再多言，任由任铉离去。日军攻入南原后转入巷战，朝鲜守军中防御使吴应井、驻防将金敬老、别将申浩、南原府使任铉、通判李德恢、县监李元春先后战死。
李福南领手中最后的北境骑兵五百，夺了西门纵马而出，趁间隙突围而走。此次突围也不顺利，突围之后他身边仅剩五十骑，几乎就是仅以身免。
至于其余南原守兵则被全歼，日军连一个活口都没给他们留下。而日军自身损失也十分严重，死伤七千有余。正因如此，日军在夺占南原后立刻屠城一日以泄愤，南原小城之中朝鲜军民由是尽绝。
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